Acho que você pode aproveitar o novo suporte Parameter no Cloudformation para fazer isso.
Obtenha uma lista de todas as sub-redes do seu VPC assim:
"mySubnetIDs" : {
"Description" : "Subnet IDs",
"Type" : "List<AWS::EC2::Subnet::Id>"
Em seguida, escolha o primeiro (ou Nth) ID, armazene isso em uma variável e passe-o para criar uma instância.
Veja também: