Se você tem chaves cisco decentes e o MTU de 9000 provavelmente é suportado, mas você precisa ter certeza de que os jumbo-frames estão habilitados em todos os lugares no caminho, você verá a retransmissão de pacotes.
Para testar o seu caminho, suporte a jumbo-frames é muito fácil. Do seu host, ping seu netapp com um tamanho de pacote de 9000. Você vai querer ping de ambas as interfaces para ambos os endereços de destino (supondo que você é mutli-pathing). Finalmente, isso não é uma garantia de 100%, em seguida, você precisa olhar para o seu switch para confirmar que não há pacotes fragmentados. Eu acho que há um contador, e se assim for, você não deve ver nenhum pacote.
Com tudo isso dito, eu duvido que seus quadros jumbo, e mais ainda, jumbo-frames provavelmente lhe renderá muito pouco desempenho em um link de 1g. Se você tem links duplos de 1g, na melhor das hipóteses você deve esperar ver de 200 a 240MBps. Não tenho certeza de onde vieram os 300, falando matematicamente que parece quase impossível. No entanto, 4MBps copiando um arquivo de 35GB soa muito baixo. Esse é um arquivo grande, que deve ser 100% IO seqüencial. Eu suspeito que isso não esteja relacionado ao seu SAN ou à sua mudança e mais relacionado ao seu host. Qual é o disco que você está copiando também? Quantos discos, qual invasão, se houver? Alguma BBC? Você já tentou um host diferente? Além disso, como está a sua configuração multi-pathhing? Você está usando round robin? Eu suspeito que você é se você acertar mais de 120MBps.