A ordem dos registros de recursos (após as entradas obrigatórias) nunca pareceu ser funcionalmente importante em nenhum dos dns: es que eu encontrei. Quando há uma dependência, como um registro cname ligando a um registro, isso é resolvido através da separação da resolução em duas consultas: uma recebendo o cname e a outra recebendo o registro.
Como bind e nsd carregam os arquivos da zona inteira na memória durante a inicialização, a ordem também não parece importar para o desempenho da resolução.
No entanto, o tamanho do arquivo de zona é um fator para o tempo de carga total e para o tempo de resposta da consulta: link