Não modificando seu script, não. O script não tem conhecimento do terminal, o terminal é apenas uma janela gráfica que executa um shell. No entanto, supondo que você esteja usando gnome-terminal , você pode escolher o perfil na linha de comando:
gnome-terminal --window-with-profile=PROFILENAME
Assim, se o nome do seu perfil for foo , você poderia escrever um script de wrapper ( script1.sh ) que executa seu script ( script2.sh ) em uma janela com esse perfil:
#!/usr/bin/env bash
gnome-terminal --window-with-profile=foo -x script2.sh
Agora, se você executar script1 , ele abrirá um novo terminal com o perfil correto e executará script2 nele.