Uma das causas mais comuns é o antivírus bloquear o arquivo durante as varreduras.
Verifique se você está executando uma versão compatível com o Windows 7 e 2008 R2.
Certifique-se de que seus clientes estejam configurados para ignorar a verificação de pastas de rede (seus servidores devem estar verificando arquivos em si mesmos, os clientes não devem estar fazendo a varredura pela rede).
Se você pode excluir um diretório comumente problemático, mas que acredita ser seguro, seria um bom teste para ver se ele ainda se manifesta.
Se tudo mais falhar, pegue uma cópia do handle.exe da suíte sysinternals e verifique o que tem um identificador aberto no arquivo no servidor.