Uma coisa que vale a pena verificar é se o processo ainda está em execução:
ps aux | grep nrpe
Encontre o PID de nrpe e depois mate o PID:
nagios 538 0.0 0.1 22712 1048 ? Ss Feb13 13:33 /usr/local/nagios/bin/nrpe -c /usr/local/nagios/etc/nrpe.cfg -d
root 21910 0.0 0.0 7636 912 pts/0 S+ 06:11 0:00 grep --color=auto nrpe
Então:
kill 538
Em seguida, inicie novamente o NRPE e veja se funciona:
/usr/local/nagios/bin/nrpe -c /usr/local/nagios/etc/nrpe.cfg -d