Você pode pegar OpenDPI e opendpi-netfilter . Ele funciona no Debian 6 fora da caixa sem uma recompilação. Eu estou olhando para atualizar o netfilter para trabalhar com o nDPI, mas levará algum tempo.
Também aqui está uma essência que encontrei para QoS usando o OpenDPI e o wrapper netfilter https: // gist.github.com/3161018.