Como explicado aqui , se precisar para usar o pip para instalar um pacote em um ambiente virtualenv, basta usar o pip instalado no virtualenv:
Because pip is installed by virtualenv, just use
path/to/my/environment/bin/pip
to install things into that specific environment.
A equipe pip remove a opção -E
porque o pip agora é empacotado em cada novo ambiente virtualenv, para que você possa usá-lo para instalar novos pacotes.