Sem saber mais sobre sua configuração (que o MSDistribuir provedores / configurações que você está usando), só posso fornecer conselhos vagos.
Se o tempo de implantação tiver aumentado, é possível que os arquivos tenham seus carimbos de hora da última modificação atualizados sempre. Como esse é o mecanismo padrão usado pelo MSDeploy para determinar se o arquivo deve ser carregado, isso faria com que todo o seu aplicativo fosse implantado toda vez.
Se isso parece certo, você pode alternar para a sincronização baseada em soma de verificação especificando o -useCheckSum argumento da linha de comando.