how should I divide up the rest of the space?
De maneira alguma?
Meus servidores têm uma partição pai de 50GB e outra partição para o Hyper-V (OFTNE em um conjunto de discos separados - um disco = você está morto de qualquer maneira IO sábio).
Por que não separar? é para isso que servem os arquivos VHD. Não faz sentido criar partições separadas - você não pode expor partições ao Hyper-V de qualquer maneira. Como você acha que funcionaria? Jsut armazena o vm's na partição para vm's e faz arquivos VHD lá dentro.