O log geral é geral, então você não pode evitar o log de todos os bancos de dados.
Mas, você pode usar algo como pt-query-digest (uma ferramenta do kit de ferramentas do percona link ) para filtrar os logs depois usando a opção de filtro.
Como exemplo, para filtrar logs de um banco de dados
--filter '($event->{db} || "") =~ m/database_name/'
btw, geralmente a consulta lenta é uma coisa boa para ativar, mas o log de consulta geral é apenas para depuração e tentarei evitá-la.