Em geral, o mecanismo de soma de verificação do rsync é bastante confiável. A desvantagem é a usual: você pode fazer mais verificações, mas isso levará mais tempo. Se você está realmente preocupado que um conjunto de arquivos seja exatamente o mesmo em duas máquinas, execute uma verificação separada. Por exemplo, você pode usar md5sum na lista de arquivos em ambos os lados e comparar os resultados. Supondo que os arquivos não mudem nesse meio tempo (como arquivos de log), isso dará a você uma confiança muito alta de que os arquivos são idênticos em ambos os lados.