Você está ferrado, ou menos. Enquanto você pode dizer a rsync
para recursar e todos os tipos de outros jogos, você não pode dizer para ir caçar em uma árvore de sistema de arquivos para encontrar um arquivo com o mesmo nome do outro lado.
Eu diria que o que você terá que fazer é ter um pequeno script de wrapper no final que, dado um arquivo simples, retorna o caminho completo para o arquivo nesse ponto e, em seguida, iterar através de cada arquivo no final local, chamando este script wrapper para obter o caminho remoto e, em seguida, executando rsync
one ... file ... at ... a ... time ...
Isto, é claro, assumindo que todos os arquivos já existam no outro extremo ... onde eles são colocados se não estiverem lá? Eles são ignorados?
Eu encontraria quem criou esse esquema de armazenamento de arquivos maluco e quebre seus dedos.