Existem duas opções que posso ver:
- Crie um arquivo de loopback localmente , copie ( ou hardlink?) pastas de chaves para o novo sistema de arquivos, em seguida, empacotar isso como uma AMI
- Inicie uma nova instância do EC2 e apenas rsync nela (provavelmente é mais fácil, especialmente se a sua máquina reinicializar continuamente)