O cache do Apt é gerenciado por um cron job diário. Para modificar as configurações padrão, abra (como root) /etc/apt/apt.conf.d/20archive
:
APT::Archives::MaxAge "30";
APT::Archives::MinAge "2";
APT::Archives::MaxSize "500";
Para desativar a remoção automática, defina os três valores como 0
.
Veja o início de /etc/cron.daily/apt
para uma breve documentação dessas opções.