Depende se você está usando mod_php ou php cgi. Mod_php é carregado na memória quando o apache é iniciado, assim você pode instalar o php sem afetá-lo. O novo módulo mod_php será carregado quando você reiniciar o apache.
O PHP CGI, por outro lado, é carregado toda vez que um script é executado. Se você estiver instalando o PHP em um novo local, tudo bem, porque o apache só procurará o novo local quando for reiniciado e localizará o novo local em seu arquivo de configuração. No entanto, se você estiver usando o PHP CGI e instalando o php em uma instalação existente, você terá que desativar o apache enquanto isso acontecer.