Se você estiver executando o PHP como um módulo do Apache2, o seguinte deverá funcionar para você.
Na pasta que você deseja alterar o caminho da sessão (por exemplo, site.com/site_one), crie um arquivo .htaccess
com o seguinte:% php_value session.save_path "/path/to/separate/sessions/site_one"
.
Repita isso e altere o diretório de cada pasta que você deseja ter um caminho de sessão separado.