Quando o uso quiser uma remoção completa de um pacote que você precisa para limpá-lo (geralmente significa remover também os arquivos de configuração).
aptitude purge pure-ftpd-mysql
De qualquer forma, quando falta um arquivo de configuração para um pacote instalado, você pode use o seguinte comando para forçar o dpkg a reinstalar a falta original arquivos de configuração:
dpkg --force-confmiss -i /var/cache/apt/archives/pure-ftpd-mysql_1.0.24-1_i386.deb
Supondo que você não tenha feito um:
apt-get clean
que remove o cache:)