Você deve sempre usar HTTP. Nesse sentido, encontrei esta resposta legal :
Você não economizará muito tempo usando um sobre o outro, mas se a eficiência é o que importa, use HTTP. Um cliente de FTP tem que enviar um nome de usuário e senha e receber reconhecimentos para eles e, em seguida, emitir vários comandos para configurar a transferência de arquivos e receber os registros para eles também. Tudo isso para trás e para frente aumenta o efeito da latência da rede; com 100-200 ms de tempo de ping para o servidor, você pode desperdiçar um segundo ajuste na transferência. Com o HTTP, o cliente abre a conexão, envia um comando e a transferência de arquivos é iniciada imediatamente.
(Graças a Kyle Jones por esta resposta)
Além disso, vou acrescentar que eu pessoalmente sempre uso o melhor servidor encontrado pelo Ubuntu (em Configurações do Sistema ... → Software e Atualizações → Ubuntu Software e escolha Othher ... ):
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