Eu não uso zip mas tar + gzip. O que eu faço é
tar czf - /some/dir | split -b 1G
Isto irá criar arquivos xaa xab, etc. (você pode alterar o prefixo. Verifique as man pages)
Para restaurar simplesmente cat
os arquivos juntos, por exemplo
cat xaa xab ... | tar xzf -
Parece que você pode fazer isso com zip
para, usando -
para nome do arquivo, algo como (não testado)
zip - /some/dir | split ...