desmonte o que estiver atualmente montado. xfs_repair é um pouco exigente sobre isso às vezes. lsof / mountedpartition para ver o que ainda pode estar mantendo essa partição aberta se você não conseguir desmontá-la.
Dependendo de como desligar, talvez seja necessário fazer -L para limpar os logs e, independentemente de sua preferência, use -P no xfs_repair - o xfs_repair geralmente é executado e fica preso e apenas fica lá, o - P permite continuar.
Se você quiser verificar o progresso, a partir de outra sessão de terminal, strace -p (pid de xfs_repair) e você pode ver se ainda está fazendo alguma coisa.
Eu não sei qual versão do xfsprogs / xfsdump você está executando, mas, veja se há uma atualização disponível para o seu sistema operacional - há uma série de atualizações recentes (últimos 8 meses) que abordam alguns dos Estouros de buffer ímpares. Ferramentas XFS estão atualmente em 3.1.5.
Você não poderá excluir diretórios seletivamente durante um reparo com muita facilidade - embora, essa mensagem de erro sugira que você verá alguma perda de dados ou localizará os arquivos em / lost + found. Dependendo de quão ruim a estrutura é, você pode encontrar pouca perda de dados. Se você realmente quisesse aprofundar-se, poderia propositalmente atravessar a meta-estrutura e esclarecer certas partes, mas acho que poderia ser extraordinariamente complexo.
Como alternativa, mkfs e restaure a partir de backups.
Na releitura, parece que o sistema de arquivos está montado, o que você pode fazer é desligar o mysql, mover o diretório do banco de dados inválido para fora do diretório mysql, reiniciar o mysql. O sistema de arquivos deve ser limpo em algum momento, mas, se o único problema é aquele diretório e você é capaz de montar o sistema de arquivos, você deve ser capaz de escrever / mover esse diretório para fora do caminho.