O IE deve armazenar em cache o resultado do PAC por servidor / host por padrão e deve apenas recarregar o arquivo PAC quando ele resolve um host com o qual não conversou naquela sessão, ele não deveria estar sendo carregado em todas as solicitações.
A chave de registro que controla se ela armazena em cache o resultado por host ou não é:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Policies\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings
Value: EnableAutoproxyResultCache
Type: REG_DWORD
Data value: 0 = disable caching; 1 (or key not present) = enable automatic proxy caching (this is the default behavior)
Ou você pode controlá-lo com políticas de grupo com a seguinte configuração:
User Configuration\Administrative Templates\Windows Components\Internet Explorer
Disable caching of Auto-Proxy scripts