Eu não posso lhe dar uma resposta totalmente qualificada aqui, mas algumas dicas:
- As fontes principais do Windows são altamente otimizadas para o Windows. Eles parecem um pouco fora de qualquer outro lugar.
- A largura de negrito e regular é diferente na maioria das fontes de largura fixa. Reconfigure suas configurações de aparência do eclipse para que não seja usado negrito ou tente 'ubuntu mono', o que simplesmente funciona.
- Droid Sans Mono, DejaVu Sans Mono também são alternativas viáveis para o padrão Sans Mono.
- A fonte Inconsolata tenta alcançar a experiência do Consolas no Linux.