Sugiro que você consulte o tutorial de arquivos .htaccess na documentação do Apache para obter uma ideia de como eles são aplicados.
Basicamente, o Apache percorrerá a árvore de diretórios procurando arquivos htaccess, a menos que você tenha uma diretiva AllowOverride None em uma instrução <Directory> .
Editar:
O Apache continuará até atingir uma diretiva AllowOverride None para um diretório. A maioria dos servidores vem configurada para / e qualquer que seja a raiz do servidor padrão. Isso impede que a configuração padrão passe por sua raiz da web. No entanto, o padrão também é None , então acho que isso deve ser apenas para fins de esclarecimento. Sugiro que você verifique seu arquivo /etc/apache2/httpd.conf padrão para ter certeza.