Soa como problemas do Active Directory e, como o Exchange 2003 é totalmente integrado ao AD, é isso que eu estaria vendo.
Verifique a saúde da DC usando o DCDIAG
Quantos DCs existem na rede, existem problemas de replicação entre eles (se múltiplos)? Como é a saúde do hardware? Certamente soa estranho o que pode indicar algo corrupto em algum lugar.