Da última vez que fiz uma migração, usei este guia para me certificar de que não me esquecerei de nada.
Como migrar o Windows 2000 Server para o Windows Server 2003 Tutorial passo-a-passo
Scenario
A Windows 2000 server domain controller running on old hardware has to be replaced with a new hardware running Windows 2003 Server as the Domain Controller. This tutorial will explain how to migrate win server 2000 to win server 2003 includes Domain Controller, DNS, DHCP, File server, Rename new win server 2003 same as your old win server 2000.
Você também pode verificar isso:
Erros comuns ao atualizar um domínio do Windows 2000 para um domínio do Windows 2003