Se eu fosse você, primeiro criaria um servidor de teste para replicar seu sistema remoto e, em seguida, tentaria convertê-lo internamente, onde errar não mataria o sistema.
Eu não sei o que você tem disponível como opções em termos de como o seu sistema remoto está hospedado. Idealmente, você seria capaz de inicializar ou arrancar algo como o RIP Linux, um sistema operacional hospedado na memória, para poder manipular o disco rígido sem executar nada. Eu acho que, a menos que você tenha uma maneira de controlar as botas quando estiver, você está pedindo problemas para manipular o disco do sistema enquanto ainda executa o sistema.
Você poderia tentar usar o gparted para diminuir suas partições e então criar uma nova partição no espaço em branco, então instalar o FreeBSD nessa fatia e fazer um "dual boot" no outro sistema. Isso pode ser viável.
Não importa o que, no entanto, eu ainda tentaria fazer tudo isso em casa com um testbed para garantir que você possa fazê-lo funcionar antes de jogar com o seu servidor de trabalho.