Você não pode excluir seletivamente os logs do log de eventos de segurança, pois isso compromete a integridade do log de auditoria. Você pode, no entanto, na maioria dos casos, definir o que faz isso no log.
Aumentar o tamanho do log é algo que você definitivamente deveria fazer, e não há nada de errado com isso. Mesmo aumentar o tamanho do log para 1Gb não deve causar problemas.
Ao auditar uma pasta, você pode especificar qual usuário está sendo auditado. Como o serviço do agente do Arcservce provavelmente é executado em uma conta de usuário exclusiva (e, se isso não ocorrer, altere-o para que funcione), você poderá alterar sua auditoria para que não inclua essa conta de usuário.
Finalmente, obter uma solução de gerenciamento de logs - embora não seja necessário neste caso - não é um exagero. Há muitas soluções por aí que funcionam bem com instalações menores e maiores. Alguns deles (por exemplo, EventSentry ) permitem definir exatamente quais logs devem ser armazenados e quais deles devem ser excluídos.