Isso parece estar relacionado ao material fastcgi e php-fpm.
Não tenho certeza de como isso foi feito através de testes ...
Se o arquivo solicitado for tratado pelo php-fpm, as diretivas não serão processadas.
Se, em vez disso, o arquivo não for manipulado pelo php-fpm (que inclui 404 respostas para um arquivo php ausente), as diretivas serão processadas.