Soa como um bug para mim. Eu tentei isso com o Ubuntu 14.04. Vá em frente e relate o bug.
Com alguns dos modos de saída (ed script, side-by-side) mesmo -B funciona, mas não com os outros.
jaba@jaba-ubuntu:~/diffbug$ diff -e -B a b
1c
b
.
diff: a: No newline at end of file
diff: b: No newline at end of file
jaba@jaba-ubuntu:~/diffbug$ diff -y -B a b
a bjaba@jaba-ubuntu:~/diffbug$