Nós vimos problemas semelhantes e estamos usando um cliente PHP que não suporta heartbeat.
Nossa solução é desligar todos os processos do consumidor antes que as instâncias sejam encerradas, para que todas as conexões sejam desconectadas de forma limpa. O AFAIK EC2 tentará um desligamento e você terá cerca de um minuto antes que a máquina seja desligada.
Exemplo:
[1] link