A resposta simples é sim , mas a verdade é um pouco mais complicada.
Sim, o aplicativo ainda estará em execução; ele será retomado com o restante dos processos do sistema. Há, no entanto, coisas com estado, como conexões de rede e estados do driver de gráficos. Estes precisam reinicializar com hardware externo e isso pode significar alguma latência de rede adicional para começar, ou mesmo uma reconexão de desconexão adequada (como acontece comigo na Ethernet). Em situações particularmente ruins - exceções definidas à regra - todo o ambiente de área de trabalho pode travar e reiniciar.
Então não posso garantir o que vai acontecer com você. Se o seu aplicativo falhar, se perder a conectividade da rede, pode haver um problema. Se estiver fazendo renderização ou coisas de CUDA / OpenCL, isso pode quebrar.
Se é apenas um material simples de CPU / disco, deve estar bem.
Mas quem sabe com certeza. Computadores fazem de tolos todos nós.
Boa sorte.