Parece que você precisa de um túnel 6in4. Se você tiver um prefixo roteado em seu servidor de pilha dupla, poderá configurar seu próprio servidor de encapsulamento. Caso contrário, você pode usar um dos muitos provedores de túneis gratuitos.
Com base na minha experiência geral com vários provedores, eu recomendo Furacão Elétrico .
Você pode substituir o túnel 6in4 por uma VPN de site para site. A diferença entre o 6in4 e a VPN é que a VPN fornece integridade e criptografia no caminho entre o site IPv4 e o servidor de encapsulamento, mas isso pode não agregar muito valor para você, pois o caminho entre o servidor de encapsulamento e o IPv6 permanece descriptografado.
Uma VPN site a site entre o site IPv4 e o site IPv6 pode ser possível, mas isso obviamente adicionaria outra camada de complexidade, já que a VPN teria que ser executada em cima de um túnel, proxy ou NAT.