Desde o ext3, a manipulação de arquivos no sistema de arquivos é pelo menos tão rápida quanto encontrar uma linha indexada em um banco de dados. Isso é chamado de HTree (na verdade, muitos índices em bancos de dados ainda usam um BTree.)
Os sistemas mais antigos começariam a ter problemas em 1.000 arquivos porque a pesquisa era linear (inicie a partir do primeiro arquivo e percorra todo o diretório para encontrar o arquivo em que estava interessado.)
Por que usar um banco de dados?
PRO
Então, você só precisa transportar o banco de dados de um computador para outro (pense em um sistema em nuvem ...), especialmente se quiser usar a replicação automática entre computadores.
CON
Todo o banco de dados que você envia para o banco de dados passa pela rede! Isso significa um enorme gargalo. Se você não prevê o uso do recurso de replicação do seu banco de dados, é suficiente (para mim) evitar o uso do banco de dados. Isso terá um impacto enorme no seu sistema. Use o sistema de arquivos diretamente, já que de qualquer maneira o banco de dados estará fazendo a mesma coisa: salve os dados em um arquivo!
P.S. Seu administrador parece ser do passado ...
P.P.S. "Os índices do ext3 HTree estão disponíveis no ext3 quando o recurso dir_index está ativado." - Eu uso o ext4, então não me preocupo muito com isso, embora possa ser desativado no ext4; esperemos que esteja ligado no seu servidor ...