Eu acredito que, por design, não, isso não é possível. As instâncias de RDS realmente vivem em instâncias do EC2 que o sistema da AWS cria e mantém para você. Você tem um controle de administração razoavelmente bom sobre o back-end do RDS (Grupos de Parâmetros de Banco de Dados são bons para isso), mas como você não tem acesso ao sistema operacional, não é possível acessá-lo o suficiente, mesmo que você execute o RDS seu próprio VPC que tem um DC rodando nele.
Se você precisar de um servidor SQL com conectividade total do AD, acredito que sua única boa opção na AWS seja executar uma instância do EC2 do seu domínio e executar o SQL 2005/2008/2012 nele.
(A propósito, eu não ficaria surpreso se os engenheiros da AWS estivessem pensando em como fazer isso, já que o SQL como um serviço que você poderia facilmente unir ao seu domínio de VPC teoricamente não seria tão difícil e seria um "killer app" das sortes. O problema é que ele não permitiria múltiplos / diferentes clientes RDS vivendo na mesma caixa, então eles basicamente precisariam recriar o que você poderia criar no EC2 acima.)