Armazene seu conteúdo estático em um repositório git. Crie uma ramificação para cada versão de conteúdo que você deseja. Use o fantoche para criar um repositório, se não houver um, para garantir que a ramificação correta seja retirada e para atualizar automaticamente o repositório. O Git cuidará de adicionar e remover arquivos de lá. Reponha suas ramificações para qualquer revisão apropriada a qualquer momento.
Como alternativa, você pode achar que o rsync com os sinalizadores apropriados (excluir arquivos não presentes no mestre) também pode funcionar.