Eu tive um problema semelhante depois de instalar o kde e depois voltar para o gnome. Consegui principalmente corrigi-lo, editando ~/.gtkrc-2.0 . Ele tinha referências ao tema oxygen , que é o tema do kde, eu acho. Então eu mudei para Ambiance e ubuntu-mono-dark . Não há garantia de que isso vai resolver isso para você.
style "user-font"
{
font_name="Ubuntu Regular"
}
widget_class "*" style "user-font"
gtk-font-name="Ubuntu Regular 8"
gtk-theme-name="Ambiance"
gtk-icon-theme-name="ubuntu-mono-dark"
gtk-fallback-icon-theme="gnome"
gtk-toolbar-style=GTK_TOOLBAR_ICONS
gtk-menu-images=1
gtk-button-images=1