Informações adicionais seriam úteis
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dmesg|grep -i hpet- para algumas informações relacionadas comHPET. -
dmidecode- parte da versão do BIOS.
O upgrade do BIOS provavelmente deve ajudar.
PS. Por que não TSC ? É mais rápido e se você tiver os dois constant_tsc e nonstop_tsc em /proc/cpuinfo , é definitivamente a melhor escolha.