O problema é que o arquivo m4 do mysqlnd não é config.m4
mas config9.m4. Este é um mecanismo de dependência, para garantir que buildconf
o coloque no final do configure. Pode-se argumentar que phpize
deve saber sobre isso, atualmente isso não acontece.
Uma alternativa é renomear config9.m4 para config.m4, mas lembre-se de que uma compilação "normal" não funcionará.
Note também que o PHP 5.3.8 não permite que mysqlnd
seja construído compartilhado, portanto, acima da solução não funcionará. Isso será permitido no PHP 5.3.9, no entanto. Isso ainda não resolve o problema config.m4 vs. config9.m4, mas para PHP você poderá fazer --enable-mysqlnd=shared
para receber mysqlnd.so
como parte da compilação principal do PHP.