Não sei como funciona no Mac, mas no Linux o instalador do EnterpriseDB deixa um script de desinstalação, possivelmente vinculado a alguma entrada do menu. Você deveria procurar por isso.
As duas instalações devem poder coexistir pacificamente. Mas se você não precisa da instalação, você deve considerar removê-la, como é óbvio.
Em geral, recomendo usar Macports para PostgreSQL e outros softwares.