Ninguém tem uma ótima resposta para isso. Você precisa fazer alterações de esquema compatíveis com versões anteriores, por mais difícil que seja.
Normalmente, isso significa que seu aplicativo não pode depender apenas de uma versão do esquema, mas precisa ser capaz de suportar vários esquemas durante a transição. (Suas transações devem atualizar os dois esquemas, etc.)
Observe que mesmo os armazenamentos de dados sem esquema NoSQL não resolvem esse problema, mas exigem que você o resolva da mesma maneira: se você tiver uma chave com N valores e precisar adicionar um novo valor, seu aplicativo precisa lidar com a possibilidade de a chave ainda não ser atualizada.
Boa sorte!