questão interessante, e parece ser uma limitação do php. Veja o seguinte:
Os dois, no final, parecem dizer "Use java or Perl" ou algo assim. Talvez alguém no stackoverflow tenha a resposta. Para uploads grandes, o sftp pode ser a melhor solução, dependendo de como isso é fácil para o usuário.
Se você estiver disposto a usar não-php, JUpload parece uma boa opção, pois pode dividir o arquivo em partes e liberar cada pedaço para o disco. Se tem que ser php, parece que você pode ser capaz de distribuir algo personalizado com alguma programação de soquete de acordo com esta postagem stackoverflow .
Nesse tamanho, você provavelmente quer algo com currículo e capacidade de progresso de qualquer maneira.