Do meu ponto de vista, parece que o arquivo "modules-2.6.31-20-server-amd64.tar.bz2" foi comprometido. O nome indica que é usado durante a parte de inicialização do espaço de usuário. Você pode tentar reenviar a imagem do servidor para seus vps ou tentar fazer o download-fix-reupload do arquivo:
depois de uma rápida olhada em sua referência, acho que instance storage peekfs get
seria o comando apropriado.
Meu palpite seria que o armazenamento do VPS ou a imagem do servidor (possivelmente durante a transferência) poderiam ter sido comprometidos. Outra causa possível pode ser uma atualização do seu kernel que causou a falha no arquivo do seu módulo.