Você não tem escolha aqui. Se você executar duas instâncias apache separadas, elas não podem ambas agarrar a porta 80. Usar virtualhosts é a melhor solução.
Adicione o seguinte à sua configuração do Apache:
NameVirtualHost *:80
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /var/www/example.com
ServerName example.com
ServerAlias www.example.com
# the remainder of your example.com configuration goes here
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /var/www/pictures.example.com
ServerName pictures.example.com
ServerAlias www.pictures.example.com
# the remainder of your pictures.example.com configuration goes here
</VirtualHost>