Eu tive o mesmo problema e publiquei no fórum da Comunidade do SBS da Microsoft. Fui direcionado para o artigo Microsoft Knowledge Base article 981939 que parece ter corrigido meu problema sem desativar o monitoramento.
O artigo inclui um script powershell para reduzir a quantidade de dados de monitoramento que é mantida de 90 dias para 30 dias e adiciona alguns índices e estatísticas ao banco de dados.