Você pode tentar reinstalar o pacote apt
aqui: link
instale-o pelo comando:
cd /path/to/the/downloaded/folder
./configure
make
sudo make install
e reinstale todo o pacote ubuntu-desktop
usando o comando:
sudo apt-get update && sudo apt-get install aptitude && sudo aptitude install ubuntu-desktop
O problema pode ser que você não tem o autoconf automake, etc., os pacotes de ferramentas de compilação para compilar o apt ... Dê uma chance.