A primeira reclamação para mim parece inválida. Vamos supor que temos um data center com 900 servidores divididos em três grupos ou subdomínios. Digamos que uma NIC em um servidor no grupo 1 comece a ficar ruim e os flaps causem uma inundação. Não importa o tipo de design usado para a rede no data center, todos os dispositivos no domínio de broadcast serão afetados por essa sobrecarga, a menos que você tenha algum código em execução em dispositivos de rede que procurem por esses itens.
Se você tiver um diagrama de árvore ou qualquer outra coisa, não importa. O design da rede afeta pouco o servidor que precisa estar em qual rede ou VLAN. Mas isso deve ser um ponto discutível de qualquer maneira, já que todos os switches Cisco vendidos hoje podem ser programados para fechar as portas de flapping.
O segundo ponto é válido. A única coisa que posso dizer é que, se o orçamento dos administradores de rede estiver correto, eles podem minimizar o efeito disso. A empresa para a qual eu trabalho tem um ciclo de vida de 4 anos em todos os equipamentos de rede, a menos que a Cisco "End of Life" esteja presente antes do período de 4 anos. Isso nos permite manter a rede atualizada sem gastar muito dinheiro. Sua situação pode ser diferente.
Acho que as vantagens da árvore superam em muito as negativas. A redundância e a velocidade (se você reduzir a camada 3) podem realmente compensar os dividendos em um ambiente do tipo centro de dados. A única maneira de obter mais velocidade e redundância é usar um ambiente de malha, mas isso pode ser quase impossível de solucionar e é muito caro e raramente usado em um projeto de LAN. Às vezes, a malha é usada para WANs, mas ainda é rara devido à solução de problemas e ao custo.
Espero ter ajudado, deixe-me agora se você tiver mais perguntas ...