Apache pendurado depois de atualizar os arquivos do site

Question

Eu tenho um servidor Linux rodando Apache e PHP.

Às vezes (cerca de uma vez a cada dúzia ou mais), depois de atualizar os arquivos PHP e / ou arquivos estáticos, o Apache irá travar cerca de 5 a 10 minutos depois (dependendo de como o servidor está ativo).

Os processos deixarão de responder um após o outro até que todos os processos sejam efetivamente "bloqueados".

Os arquivos são implantados usando um checkout git. Pelo que entendi, o git faz atualizações de arquivos atômicos e eu consegui descartar opcache, redefinindo-o após cada implantação.

Alguém já experimentou uma situação como esta de ter uma idéia do que pode ser a causa?