Você não pode fazer isso com o gerenciador de pacotes do CentOS - como você descobriu, ele foi projetado para protegê-lo de si mesmo e impedir que você faça coisas que você certamente não deveria fazer em um sistema de produção.
A solução é compilar e instalar o MySQL manualmente, em diferentes locais, e configurar cada instância para escutar em um endereço IP diferente (ou porta). Se você está se sentindo ambicioso (ou precisa fazer isso com várias máquinas), você pode rolar seus próprios pacotes com base nessas instalações.
A compilação e instalação de software é deixada como um exercício para o leitor - você deve ser capaz de lidar com isso usando a documentação do MySQL para as versões relevantes.