Se ainda não estiver, recomendo colocar seu projeto no controle de origem e esquecer os diferentes destinos de implantação com base na versão. Mantenha um único destino de implementação e, se alguma coisa nessa compilação estiver quebrada, volte para a liberação anterior no controle de origem e reimplemente-a. Isso tira você da situação confusa com várias pastas e precisa modificar sua raiz da Web.